Abbildungen auf chinesischen Keramiken aus der Jungsteinzeit vor ca. 5000 Jahren zeigen bereits menschliche Figuren in Körperhaltungen, die heutiger Qigong-Praxis entsprechen. Zu jener Zeit wurden diese Bewegungen, Atemtechniken und Tänze aber eher in schamanischen Riten zur Gesunderhaltung praktiziert. In der chinesischen Literatur ist Qigong als Lenken der Lebenskraft Qi in dem "Buch des Gelben Kaisers zur Inneren Medizin" beschrieben, das um das Jahr 300 vor unserer Zeitrechnung erschienen ist.
Unter dem Begriff Qigong wurden kurz vor und zur Zeit der chinesischen Kulturrevolution Jahrtausende alte Methoden und Techniken als ein Gesundheitskompendium gesammelt und so vor der Vernichtung durch die Ideologie Mao Zedongs bewahrt. All diese Verfahren und Konzepte fußen in der daoistischen Naturphilosophie und besaßen früher eine hohe lebenspraktische Bedeutung in allen Daseinsbereichen - Medizin, Ernährung, Kampfkunst, Spiritualität und Philosophie sind nur einige Beispiele. Dieser Umstand trug zu ihrer ständigen Validierung bei - nur was sich bewährte, wurde weiter überliefert
Genaue Beobachtungen der Natur und der Vorgänge in Körper, Seele und Geist führten die daoistischenen Naturphilosophen des alten China zu der Einsicht, dass alle Lebensvorgänge untrennbar miteinander vernetzt sind und einander in vielfältigen Wechselwirkungen beeinflussen. So wirken auch körperliche, seelische und geistige Prozesse aufeinander ein und stellen nur unterschiedliche Erscheinungsformen des „Qi“ dar. Diese Wechselwirkungen waren in den zahlreichen physischen und spirituellen Übungen der Daoisten erfahrbar und ließen sich unter anderem therapeutisch nutzen. Auf diese Weise entstanden u.a. auch die Theorien der Chinesischen Medizin über Energieleitbahnen („Meridiane“) und Akupunkturpunkte.
Körperübungen, die die Energieleitbahnen besonders gut aktivierten sowie Atemtechniken und Meditationsverfahren, die sich als besonders wirksam erwiesen, wurden über Generationen von Meister*innen an zahlreiche Schüler*innen weitergegeben und verbreiteten sich. Seit der Han-Dynastie (ca. 200 v. Chr. - 220 n. Chr.) fragten Hofbeamte jährlich die besten Techniken ab und ließen sie durch Experten am Hofe prüfen. So entstand ein Heilwissen, das durchaus als evidenzbasiert bezeichnet werden kann (auch wenn die Erkenntnismethodik sich von der der aktuellen westlichen Medizin stark unterscheidet).